Nach Ansicht des Bundesfinanzgerichts (BFG) gilt der Freibetrag für begünstigte Vereine nicht für Einkünfte aus Kapitalvermögen oder Grundstücksveräußerungen.

Vereine, die gemeinnützige, mildtätige oder kirchliche Zwecke erfüllen, unterliegen unter gewissen Voraussetzungen abgabenrechtlichen Begünstigungen. So steht begünstigten Vereinen für Einkünfte aus bestimmten Tätigkeiten ein Freibetrag in Höhe von € 10.000 pro Jahr zu.
Die Besteuerung von abgabenrechtlich begünstigten Vereinen hat aber für jeden einzelnen Vereinsbereich gesondert zu erfolgen:

Mitgliedsbeiträge und Zuwendungen von Vereinsmitgliedern

So unterliegen etwa echte Mitgliedsbeiträge oder echte Zuwendungen von Vereinsmitgliedern sowie Einkünfte aus einem sogenannten unentbehrlichen Hilfsbetrieb (z.B. Eintrittsgelder für das Meisterschaftsspiel eines begünstigten Fußballvereins) nicht der Körperschaftsteuerpflicht.

Einkünfte aus einem entbehrlichen Hilfsbetrieb

Demgegenüber sind Einkünfte aus einem entbehrlichen Hilfsbetrieb (z.B. kleines Vereinsfest) oder Einkünfte aus einem begünstigungsschädlichen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb (bspw. aus einem großen Vereinsfest oder aus der Vereinskantine) körperschaftsteuerpflichtig. Bei solchen Einkünften ist aber bis zu einer Höhe von € 10.000 im Jahr ist weiterhin keine Körperschaftsteuer zu entrichten.

Einkünfte aus Kapitalvermögen oder Grundstücksveräußerungen

Bestimmte Einkünfte aus Kapitalvermögen oder Einkünfte aus Grundstücksveräußerungen unterliegen dagegen der beschränkten Körperschaftsteuerpflicht. Diese sind mit dem 25%igen Körperschaftsteuertarif zu besteuern.
Nach Ansicht des Bundesfinanzgerichtes (BFG) kann für derartige Einkünfte der Freibetrag in Höhe von € 10.000 jedoch nicht geltend gemacht werden. Dieser soll nämlich pro Jahr nur einmal zustehen, und zwar im Rahmen der unbeschränkten Steuerpflicht (somit für entbehrliche Hilfsbetriebe und begünstigungsschädliche wirtschaftliche Geschäftsbetriebe) und nicht für (der beschränkten Steuerpflicht unterliegende) Einkünfte aus Grundstücksveräußerungen.
Gegen dieses Erkenntnis wurde eine Revision beim Verwaltungsgerichtshof (VwGH) eingebracht. Es bleibt daher abzuwarten, ob der VwGH die Rechtsansicht des BFG teilt.

Um eine korrekte Besteuerung von abgabenrechtlich begünstigten Vereinen gewährleisten zu können, sind jedoch stets die Umstände des jeweiligen Einzelfalls zu beurteilen. Widrigenfalls können empfindliche Abgabennachzahlungen oder gar der Verlust sämtlicher Begünstigungen für den gesamten Verein drohen.
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